Metodický postup zahrnuje postupy izolace DNA z rostlinného materiálu a metody detekce a kvantifikace přítomnosti záměrně vnesené cizorodé DNA – transgenu. DNA je izolována dle příslušného protokolu z čerstvého materiálu (odebraného v laboratoři nebo v polních podmínkách a uchovávaného do doby izolace na ledu po dobu 2–4 hod) nebo z materiálu zamraženého (po odebrání materiál zamrazíme v tekutém dusíku a uchováváme při teplotě -80°C) či lyofilizovaného materiálu (vzorek zamrazíme při -80°C a následně lyofilizujeme, po lyofilizaci homogenizujeme a získaný prášek uchováváme při teplotě -20°C).

Detekce GMO je založena na multiplex PCR s použitím dvou sad primerů (amplifikaci úseku transgenu a amplifikace „interního standardu“ – vlastního rostlinného genu). Navržený metodický postup umožňuje specifickou detekci přítomnosti transgenu v DNA obsažené rostlinách a rostlinném materiálu, při multiplexové PCR získány 2 produkty – amplifikovaný úsek odpovídající detekovanému transgenu GNA a amplifikovaný úsek genu UDP signalizující „správný“ průběh PCR reakce. U netransgenní kontroly je pak získán pouze úsek odpovídající rostlinnému genu. Detekční limit reakce je 10% kontaminace transgenu (2,5 ng DNA transgenního organismu) ve vzorku.

Kvantifikace GMO je založena qRT-PCR postupu - analýza probíhá jako dvě uniplexové PCR reakce na jednom přístroji během jednoho experimentu. Primerové páry byly navrženy pro amplifikaci úseku transgenu a druhý primerový pár je navržen jako „interní standard“ pro amplifikaci úseku rostlinného genu. Analýza probíhá na přístroji MiniOpticon (BioRad) a detekční limit = 0,01% a kvantifikační limit = 0,05%.