Proces zahrnuje detekci konstruktu nesoucího gen pro fúzní protein (spi2 + GFP) v rostlinách tabáku, hodnocení exprese pomocí RT-PCR, izolaci exprimovaného proteinu a jeho kvantifikaci.

U transgenních rostlin tabáku, generace T2 bude vyvinut postup pro ověření přítomnosti transgenu na základě PCR detekce a dot-blot hybridizace (izolace genomické DNA, PCR se specifickými primery nebo dot-blot hybridizace s přímo značenou sondou získanou z plasmidu nesoucího cílový konstrukt). Pro hodnocení exprese bude vyvinut postup izolace mRNA a kvantifikace exprese – resp. úrovně transkripce pomocí RT-PCR. Postup rovněž zahrnuje izolaci exprimovaného proteinu, jeho identifikaci a kvantifikaci, hodnocení enzymové aktivity a hodnocení antimikrobiálních účinků fúzního proteinu (v in vitro a in vivo podmínkách).

Molekulární selekční markery mohou zásadním způsobem ovlivnit rychlost a úspěšnost šlechtitelského procesu a získání nových odrůd. Předpokladem pro úspěšný vývoj markeru je dostupnost kontrastních rodičovských linií a segregujících generacích pro sledovaný znak. Vývoj markeru pak spočívá v izolaci DNA, PCR analýze a identifikaci diskriminantních markerů, odvození specifických primerů a ověření stability a síly markeru na segregujících populacích.

Kultivace submerzních a povrchových kultur v řízených podmínkách (kapacita submerzní kultivace 40x100ml, 20x250 ml, 4x2000ml, kapacita povrchové kultivace – xset Petriček). Uchovávání matečných kultur v hlubokomrazicím boxu v v glycerinu nebo uchovávání kultur po lyofilizaci.

Metodický postup zahrnuje postupy izolace DNA z rostlinného materiálu a metody detekce a kvantifikace přítomnosti záměrně vnesené cizorodé DNA – transgenu. DNA je izolována dle příslušného protokolu z čerstvého materiálu (odebraného v laboratoři nebo v polních podmínkách a uchovávaného do doby izolace na ledu po dobu 2–4 hod) nebo z materiálu zamraženého (po odebrání materiál zamrazíme v tekutém dusíku a uchováváme při teplotě -80°C) či lyofilizovaného materiálu (vzorek zamrazíme při -80°C a následně lyofilizujeme, po lyofilizaci homogenizujeme a získaný prášek uchováváme při teplotě -20°C).

Detekce GMO je založena na multiplex PCR s použitím dvou sad primerů (amplifikaci úseku transgenu a amplifikace „interního standardu“ – vlastního rostlinného genu). Navržený metodický postup umožňuje specifickou detekci přítomnosti transgenu v DNA obsažené rostlinách a rostlinném materiálu, při multiplexové PCR získány 2 produkty – amplifikovaný úsek odpovídající detekovanému transgenu GNA a amplifikovaný úsek genu UDP signalizující „správný“ průběh PCR reakce. U netransgenní kontroly je pak získán pouze úsek odpovídající rostlinnému genu. Detekční limit reakce je 10% kontaminace transgenu (2,5 ng DNA transgenního organismu) ve vzorku.

Kvantifikace GMO je založena qRT-PCR postupu - analýza probíhá jako dvě uniplexové PCR reakce na jednom přístroji během jednoho experimentu. Primerové páry byly navrženy pro amplifikaci úseku transgenu a druhý primerový pár je navržen jako „interní standard“ pro amplifikaci úseku rostlinného genu. Analýza probíhá na přístroji MiniOpticon (BioRad) a detekční limit = 0,01% a kvantifikační limit = 0,05%.

Služba zahrnuje kompletní molekulární analýzu rostlinného materiálu, digitální obrazovou a statistickou analýzu získaných dat.

Metodický postup zahrnuje izolaci DNA (DNA je izolována z materiálu čerstvého, zamraženého, lyofilizovaného, vysušeného v silikagelu). DNA je možno izolovat mikroextrakčními metodami (komerčně dostupnými kity) nebo pomocí standardních metod izolace DNA. V dalším kroku probíhá vlastní analýzy molekulárních markerů – DNA fingerprinting. Podle povahy analýzy je možné navrhnout řadu přístupů – analýzu RAPD, SSR, ISSR, AFLP, detekci specifických genů, analýzu ITS, cpDNA, PCR-RFLP analýzu ITS nebo specifických amplikonů, klonování a sekvenování amplifikovaných fragmentů DNA..

Digitální obrazová analýza a statistická analýza zahrnuje vyhodnocení a interpretaci primárních molekulárních dat.

Určování různých druhů bezobratlých pro různé organizace (studenty, vysoké školy, AV ČR apod.). Určování škodlivých druhů v zemědělství a konzultace k dalším postupům (určení škodlivosti a opatření proti škůdcům).

Poradenství se pohybuje od chráněných území po území člověkem využívaná – např. těžební oblasti. Poradenství k naturovým územím nebo územím ohrožených činností člověka realizací různých investičních záměrů. (Poradenství pro AV ČR – Komise pro životní prostředí, Ministerstvo životního prostředí ČR, Správy chráněných území).

• Zpracování družicových dat a leteckých snímků
  • geometrické a radiometrické korekce dat
  • klasifikace dat
  • interpretace dat pro účely ekologických studií a analýzy krajiny
  • studie funkčních aspektů krajiny
  • analýza časových změn struktury a funkce krajiny
• Zpracování a analýza prostorových dat v prostředí GIS
• Interpretace starých mapových děl
• Analýza mikroklimatu a místního klimatu, bioklimatologie a mikrometeorologie
• Energetická bilance stanoviště a evapotranspirace a jejich ekologická interpretace

Jednotlivé analýzy:

• měření vodivost, pH, KNK
• měření obsahu O2
• stanovení obsahu rozpuštěných látek (včetně rybničních vod, stanovení sestonuchlorofylu,…)
• měření rozpuštěného a partikulovaného uhlíku (TC, IC, TOC, DOC)
• měření obsahu dusíku ve vodách (NH4+, NO2, NO3)

Místo

Garant

Specifikace

Vyhodnocení rozsahu škod a následné ekonomické zhodnocení pro honební společenstva.

Podmínky

Smluvní.