Detekce a kvantifikace GMO v rostlinách a rostlinných produktech

 

Metodický postup zahrnuje postupy izolace DNA z rostlinného materiálu a metody detekce a kvantifikace přítomnosti záměrně vnesené cizorodé DNA – transgenu. DNA je izolována dle příslušného protokolu z čerstvého materiálu (odebraného v laboratoři nebo v polních podmínkách a uchovávaného do doby izolace na ledu po dobu 2–4 hod) nebo z materiálu zamraženého (po odebrání materiál zamrazíme v tekutém dusíku a uchováváme při teplotě -80°C) či lyofilizovaného materiálu (vzorek zamrazíme při -80°C a následně lyofilizujeme, po lyofilizaci homogenizujeme a získaný prášek uchováváme při teplotě -20°C).

Detekce GMO je založena na multiplex PCR s použitím dvou sad primerů (amplifikaci úseku transgenu a amplifikace „interního standardu“ – vlastního rostlinného genu). Navržený metodický postup umožňuje specifickou detekci přítomnosti transgenu v DNA obsažené rostlinách a rostlinném materiálu, při multiplexové PCR získány 2 produkty – amplifikovaný úsek odpovídající detekovanému transgenu GNA a amplifikovaný úsek genu UDP signalizující „správný“ průběh PCR reakce. U netransgenní kontroly je pak získán pouze úsek odpovídající rostlinnému genu. Detekční limit reakce je 10% kontaminace transgenu (2,5 ng DNA transgenního organismu) ve vzorku.

Kvantifikace GMO je založena qRT-PCR postupu - analýza probíhá jako dvě uniplexové PCR reakce na jednom přístroji během jednoho experimentu. Primerové páry byly navrženy pro amplifikaci úseku transgenu a druhý primerový pár je navržen jako „interní standard“ pro amplifikaci úseku rostlinného genu. Analýza probíhá na přístroji MiniOpticon (BioRad) a detekční limit = 0,01% a kvantifikační limit = 0,05%.

 

Analýza molekulárních markerů – DNA fingerprinting rostlin a hub

 

Služba zahrnuje kompletní molekulární analýzu rostlinného materiálu, digitální obrazovou a statistickou analýzu získaných dat.

Metodický postup zahrnuje izolaci DNA (DNA je izolována z materiálu čerstvého, zamraženého, lyofilizovaného, vysušeného v silikagelu). DNA je možno izolovat mikroextrakčními metodami (komerčně dostupnými kity) nebo pomocí standardních metod izolace DNA. V dalším kroku probíhá vlastní analýzy molekulárních markerů – DNA fingerprinting. Podle povahy analýzy je možné navrhnout řadu přístupů – analýzu RAPD, SSR, ISSR, AFLP, detekci specifických genů, analýzu ITS, cpDNA, PCR-RFLP analýzu ITS nebo specifických amplikonů, klonování a sekvenování amplifikovaných fragmentů DNA..

Digitální obrazová analýza a statistická analýza zahrnuje vyhodnocení a interpretaci primárních molekulárních dat.

 

Konzultace k determinaci bezobratlých

 

Určování různých druhů bezobratlých pro různé organizace (studenty, vysoké školy, AV ČR apod.). Určování škodlivých druhů v zemědělství a konzultace k dalším postupům (určení škodlivosti a opatření proti škůdcům).

 

Poradenství a konzultace v oboru management krajinných území

 

Poradenství se pohybuje od chráněných území po území člověkem využívaná – např. těžební oblasti. Poradenství k naturovým územím nebo územím ohrožených činností člověka realizací různých investičních záměrů. (Poradenství pro AV ČR – Komise pro životní prostředí, Ministerstvo životního prostředí ČR, Správy chráněných území).

 

Poradenství DPZ, GIS a bioklimatologie

 

  • Zpracování družicových dat a leteckých snímků
    • geometrické a radiometrické korekce dat
    • klasifikace dat
    • interpretace dat pro účely ekologických studií a analýzy krajiny
    • studie funkčních aspektů krajiny
    • analýza časových změn struktury a funkce krajiny
  • Zpracování a analýza prostorových dat v prostředí GIS
  • Interpretace starých mapových děl
  • Analýza mikroklimatu a místního klimatu, bioklimatologie a mikrometeorologie
  • Energetická bilance stanoviště a evapotranspirace a jejich ekologická interpretace

 

Kompletní chemicko-fyzikální analýzy povrchových a podpovrchových vod

 

Jednotlivé analýzy:

  • měření vodivost, pH, KNK
  • měření obsahu O2
  • stanovení obsahu rozpuštěných látek (včetně rybničních vod, stanovení sestonuchlorofylu,…)
  • měření rozpuštěného a partikulovaného uhlíku (TC, IC, TOC, DOC)
  • měření obsahu dusíku ve vodách (NH4+, NO2, NO3)

 

Právní poradenství u škod způsobených zvěří

Místo

Univerzita: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Fakulta: Zemědělská fakulta
Katedra: Katedra krajinného managementu
Ulice: Studentská 13
Město: 37005 České Budějovice

Garant

Jméno a příjmení: doc. Ing. Vladimír Hanzal, CSc.
Tel.: 387 772754
E-mail: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Specifikace

Vyhodnocení rozsahu škod a následné ekonomické zhodnocení pro honební společenstva.

Ukázka:  

Podmínky

Smluvní.

 

Identifikace škůdců lesa

Identifikace hmyzích škůdců podle požerku a návrh řešení a ochrany. Identifikace dřevokazných hub a návrh řešení a ochrany.

 

Poradenství při zalesňování

 

Zpracování půdního typu a plánu zalesňování (skladba lesa, rozpočet, ochrana mladého porostu).

 

Poradenství v chovu zvěře

Hodnocení zdravotního stavu celé populace. Zpracování plánu lovu a chovu.